Σωστά συγκρίνεις 5ο τάστο της 6ης χορδής με την ανοικτή πέμπτη, όπως λέει και o themos (προφανώς ο Απόλλων μπερδεύτηκε με την αρίθμηση

). Μου φαίνεται λίγο περίεργο να είναι τόσο έντονη η διαφορά όμως. Αν πράγματι είναι έτσι (έχοντας κάνει όλα τα υπόλοιπα σωστά) τότε πρέπει να αλλάξει το μήκος των χορδών, μετακινώντας τα "βαγονάκια" του τρέμολο (αυτό που αναφέρει ο themos ως intonation). Δοκίμασε επιπλεόν τα εξής (με αυτή τη σειρά):
1. Βεβαιώσου οτι έχεις τεντώσει (κυριολεκτικά!) τις χορδές (ιδιαίτερα τις μπάσες). Ακολούθα την διαδικασία, κούρδισμα-τέντωμα-έλεγχος, μέχρις ότου περαιτέρω τέντωμα δεν αλλάζει το κούρδισμα. Αν δεν τα καταφέρεις, κάνε τα επόμενα δύο βήματα.
2. Για να είσαι σίγουρος για το intonation εξέτασε κάθε χορδή ξεχωριστά ως εξής: Έχοντας κουρδίσει σωστά μία συγκεκριμένη χορδή (και ας είναι οι υπόλοιπες ξεκούρδιστες, δεν παίζει ρόλο), π.χ., την Α, παίξε την νότα του 12 τάστου και έλεγξε τι δείχνει το κουρδιστήρι. Αν απέχει πολύ από την Α τότε θέλει διόρθωση το intonation. (Όταν μάθεις ποιες νότες αντιστοιχούν σε ποια τάστα, μεγαλύτερη ακρίβεια δίνει η απόκλιση του τελευταίου τάστου, αλλά για την ώρα αρκεί το 12ο).
3. Σε ορισμένα τρέμολο, η τάση των ελατηρίων (που βρίσκονται στο εσωτερικό της κιθάρας) και αντισταθμίζουν την τάση των χορδών είναι σχετικά χαλαρή ώστε όταν κουρδίζεις μία χορδή να ξεκουρδίζονται (από λίγο έως πολύ ) οι υπόλοιπες. Βεβαιώσου ότι αυτό συμβαίνει/δεν συμβαίνει με την κιθάρα σου
Υ.Γ. 1: Υποθέτω πως όταν λες πως δεν "βγάζουν τον ίδιο ήχο" οι νότες στις διαφορετικές χορδές, εννοείς πως αυτό φαίνεται και στο κουρδιστήρι (διαφορετική ένδειξη) και δεν είναι απλώς ιδέα του αυτιού σου.
Υ.Γ. 2: Με πρόλαβες Απόλλων!