Έχω την εντύπωση πως κάνεις κάτι λάθος στην διαδικασία του intonation.

Τα σωστά βήματα είναι ως εξής:
1. Αν διαπιστώσεις ότι μία χορδή χρειάζεται αλλαγή μήκους, τότε ρυθμίζεις το "βαγονάκι" της χορδής (παίζοντας με την βίδα της γέφυρας) αναλόγως, μετακινώντας το μπροστά ή πίσω. Αν το 12ο τάστο σου είναι "sharp", σε σχέση με την ανοιχτή, μετακινείς το βαγονάκι προς τα πίσω (αυξάνεις το μήκος της χορδής), ενώ αν είναι "flat" κάνεις το αντίθετο. Η μετακίνηση αυτή γίνεται ΕΜΠΕΙΡΙΚΑ και (λίγο) στην τύχη (χωρίς να βασίζεσαι καθόλου σε ένδειξη από το κουρδιστήρι).
2. Με το βαγονάκι στην νέα του θέση, ΞΑΝΑΚΟΥΡΔΙΖΕΙΣ ΤΗΝ ΑΝΟΙΚΤΗ χορδή και ελέγχεις στην συνέχεια το 12ο τάστο.
Τα βήματα 1 και 2 επαναλαμβάνονται μέχρι η ένδειξη που θα έχεις στο 12 τάστο να συμπίπτει με το κούρδισμα της χορδής.
Θα έλεγα ότι είναι καλύτερο να ελέγχεις με πατημένο το 12ο τάστο αντί με την αρμονική (για μεγαλύτερη ακρίβεια) και, ακόμα καλύτερα, με το 24ο (αν έχεις) ή κάποιο άλλο, μεγαλύτερο του 12ου (προφανώς θα αντιστοιχεί σε άλλη νότα από την ανοικτή).
Υ.Γ.: Δοκίμασε πριν κάνεις post το κείμενο σου να του ρίχνεις μία ανάγνωση πρώτα, κάνωντας διορθώσεις όπου χρειάζεται, γιατί πραγματικά είναι πολύ δύσκολο να το διαβάσει κανείς! Φιλικά